En su mayoría, los organismos de cuenca tienen una autonomía financiera limitada y dependen mucho de las asignaciones otorgadas por los gobiernos nacionales. Sin embargo, una cuenca es un 'bien público'. Por esto, más allá de que exista o no un organismo de cuenca formal, los gobiernos, aun así, deberán financiar el aprovechamiento y la gestión de los recursos hídricos.

La entidad de gestión de cuencas debería coordinar las actividades sin duplicarlas con las actividades de otros organismos, o abordar funciones nuevas para las que aún no haya implementación. Esto implica la necesidad de asignar los fondos claramente a funciones específicas como la preservación del recurso; el desarrollo y mantenimiento de la infraestructura; y las operaciones del organismo de cuenca.

Una parte integral de todo plan de acción de cuenca es el programa financiero que establece con exactitud cómo se financiará su implementación. Es importante resaltar que no sirve un plan de acción de cuenca sin una estrategia de financiamiento, sin embargo, lleva tiempo conseguir los fondos. Si un plan está listo antes de haber encontrado los fondos para implementarlo, casi sin duda, significa que está desactualizado e, incluso, sea probablemente necesario descartarlo. La experiencia ha demostrado que cuando los planes establecen la procedencia de los fondos y el modo cómo se invertirán, tienen más posibilidades de ser implementados con éxito. La identificación del financiamiento también evita distanciarse de la realidad durante el desarrollo del plan [1].

Todo organismo de cuenca deberá tener un presupuesto operativo. El presupuesto operativo podrá ser pequeño en el caso de un comité de cuenca, que se reúne con escasa frecuencia, pero será significativo en el caso de una gran autoridad de cuenca responsable de programas que incluyan componentes de infraestructura. Los presupuestos deben cubrir aspectos tales como administración, auditoria y gestión financiera, recursos humanos y capacitación del personal.

También deberán incluir partidas para equipamientos esenciales, como computadoras e instrumentos de campo, sistemas de información geográfica (GIS) y de modelamiento numérico, programas informativos y vehículos. Deberán, asimismo, incluir previsiones para el mantenimiento y el reemplazo de equipos.

Figura 1. En Brasil, el sistema de cargos aprobó un cargo por el uso del agua, haciendo que paguen todos aquellos que extraen y consumen el recurso asimismo quienes descargan aguas residuales a fuentes de agua de la cuenca de los ríos Para… — Figura 1. En Brasil, el sistema de cargos aprobó un cargo por el uso del agua, haciendo que paguen todos aquellos que extraen y consumen el recurso asimismo quienes descargan aguas residuales a fuentes de agua de la cuenca de los ríos Paracicaba, Capivari y Jundial en el estado de San Pablo. Todos los fondos son recaudados por la Agencia del Agua para recuperar la calidad del recurso y mejorar su disponibilidad según estrategias establecidas en el Plan de Cuencas y aprobadas por el Comité.

Una de las maneras de obtener fuentes de ingreso es a través de impuestos que vienen a ser una fuente indirecta de fondos y pueden recaudarse de diferentes maneras, con las personas naturales y jurídicas como contribuyentes. Los gobiernos nacionales asignan fondos a los organismos de cuenca a partir de sus ingresos fiscales.

Otra forma de ingreso son las tarifas o los cargos que deberían ser pagados directamente al organismo de cuenca. Para ello los organismos de cuenca deberán gozar de facultades estatutarias para recaudar fondos de este modo. Los organismos de cuenca deberían exigir a los usuarios del agua, sean autoridades municipales o empresas de servicios públicos operadas por el estado o por privados, que paguen las licencias por la extracción del recurso. Con el mismo criterio, las descargas de aguas residuales hacia lagos o ríos deben contar con una licencia. Esto también es aplicable a los usos no consuntivos del agua, como es el caso de la minería, la navegación y la generación de energía. Los organismos de cuenca deben asegurarse de contar con las facultades legales necesarias para gravar a los usuarios por estos servicios y conservar lo producido de modo de invertirlo en la gestión de las cuencas.

Los ingresos obtenidos por vía de multas por contaminación también pueden ser otorgados a los organismos de cuenca con el objetivo de sanear áreas contaminadas y prevenir una mayor contaminación. Las transferencias incluyen subsidios, donaciones y aportes voluntarios. Comprenden fondos bilaterales y multilaterales, como es el caso de la asistencia oficial para el desarrollo [1].

Dado que por lo general se dispone de muy poco financiamiento directo, es importante no evitar las fuentes no gubernamentales. Las tres principales fuentes de ingreso generan un flujo de fondos que el organismo de cuenca puede emplear para obtener fondos reintegrables, particularmente préstamos. Los organismos de cuencas solventes y de gran porte pueden estar en condiciones de obtener financiamiento mediante bonos, por lo general con el apoyo estatal o nacional. También puede existir la oportunidad de emitir acciones (capital de riesgo) para proyectos de infraestructura tales como represas multipropósito y en algunos casos, nuevos esquemas de riego.