Macroeco: Un paquete de Python para el Análisis de Patrones Ecológicos

Fuente: Kitzes, J. and Wilber, M. 2016. Macroeco: Reproducible ecological pattern analysis in Python. – Ecography 39: 361–367

Macroeco es un paquete de Python que proporciona un conjunto completo de funciones para analizar patrones empíricos de datos ecológicos, predicción de patrones usando modelos teóricos y comparación de patrones empíricos con la teoría. Muchos de los principales patrones macro-ecológicos pueden ser analizados utilizando este paquete, incluyendo la distribución de la abundancia de especies, las relaciones entre especies y áreas endémicas, medidas de la diversidad beta y muchas otras.

Macroeco es un paquete libre de Python que proporciona un conjunto completo de funciones para analizar patrones macroecológicos de forma efectiva y reproducible.
Macroeco posee cinco subpaquetes, de los cuales los tres primeros están diseñados para ser accesados irectamente por los usuarios.
El paquete Macroeco proporciona la interfaz MacroecoDesktop que tiene las siguientes ventajas:

MacroecoDesktop es un único archivo de parámetros que permite especificar un número ilimitado de análisis en secciones separadas, lo que permite una rápida evaluación de muchas métricas macro ecológicas en muchos subconjuntos de datos diferentes.
Proporciona un "lenguaje" sencillo y una interfaz para especificar y ejecutar análisis, haciendo accesible la funcionalidad de Macroeco a los no programadores.
Puede registrar resultados de análisis, incluyendo marcas de tiempo y cualquier error o advertencia que se genere en cualquier nivel de análisis.
Guarda los resultados del análisis en un formato estandarizado.
Proporciona un flujo de trabajo automatizado de 'botón pulsador' que permite que los resultados se recreen con un solo comando.

La versión actual de Macroeco fue desarrollada en la Universidad de California, Berkeley por Justin Kitzes y Mark Wilber. Otros contribuyentes a las versiones anteriores y actuales son Chloe Lewis y Ethan White, respectivamente. El desarrollo de Macroeco ha sido apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias, la Fundación Gordon y Betty Moore, y el Instituto de Berkeley para la Biología del Cambio Global.

Macroecología es el estudio de patrones estadísticos de abundancia, distribución y diversidad en comunidades ecológicas (Brown 1995). Varios patrones macroecológicos, incluyendo la relación especie-área y la distribución de la abundancia de especies, son ampliamente utilizados por ecologistas como indicadores descriptivos de la comunidad y por biólogos de la conservación como modelos para evaluar los impactos humanos sobre los ecosistemas.

Macroeco puede utilizarse como un paquete científico de Python o a través de una interfaz de alto nivel llamada MacroecoDesktop.

El paquete Macroeco Python se organiza en cinco subpaquetes:

Empírico (macroeco.empirical): Contiene funciones que cargan tablas de datos y realizan análisis empíricos de datos.
Modelos (macroeco.models): Proporciona un conjunto de clases para distribuciones y curvas predichas por la teoría macroecológica.
Comparar (macroeco.compare): Proporciona funciones de utilidad para comparar el ajuste de modelos con métricas empíricas.
Misc (macroeco.misc): Contiene varias funciones auxiliares.
Principal (macroeco.main): Contiene las funciones que componen la interfaz de MacroecoDesktop y permite al usuario especificar todos los parámetros para un análisis en un archivo de texto.

Ventajas

Macroeco es un paquete libre de Python que proporciona un conjunto completo de funciones para analizar patrones macroecológicos de forma efectiva y reproducible.
Macroeco posee cinco subpaquetes, de los cuales los tres primeros están diseñados para ser accesados irectamente por los usuarios.
El paquete Macroeco proporciona la interfaz MacroecoDesktop que tiene las siguientes ventajas:

MacroecoDesktop es un único archivo de parámetros que permite especificar un número ilimitado de análisis en secciones separadas, lo que permite una rápida evaluación de muchas métricas macro ecológicas en muchos subconjuntos de datos diferentes.
Proporciona un "lenguaje" sencillo y una interfaz para especificar y ejecutar análisis, haciendo accesible la funcionalidad de Macroeco a los no programadores.
Puede registrar resultados de análisis, incluyendo marcas de tiempo y cualquier error o advertencia que se genere en cualquier nivel de análisis.
Guarda los resultados del análisis en un formato estandarizado.
Proporciona un flujo de trabajo automatizado de 'botón pulsador' que permite que los resultados se recreen con un solo comando.

Funciones

Toda la información detallada sobre el paquete Macroeco, incluyendo instrucciones de su instalación, tutoriales y una guía de la referencia, está disponible en http://macroeco.org.

La versión más reciente del paquete Macroeco es la 1.0.1 y se puede instalar desde PyPI (Pip install macroeco). Para los usuarios que no programan en Python, también está disponible una aplicación independiente denominada Macroeco Desktop, que proporciona la mayor parte de la funcionalidad de macroeco a través de una sencilla interfaz que no requiere programación. Para descargar esta aplicación independiente, haga clic en este enlace y descargue el archivo MacroecoDesktop_Mac_Standalone.zipde (versión más reciente).