Posts filed under TutorialPython

Cómo crear un ráster geoespacial a partir de datos XY con Python, Pandas y Rasterio - Tutorial

Otro tutorial realizado bajo el concepto de “Python geoespacial”. El tutorial muestra el procedimiento para ejecutar una interpolación Scipy sobre un dataframe de Pandas de datos puntuales que tienen una matriz Numpy 2D como salida del proceso. Con algunos procedimientos de Rasterio, la matriz Numpy se transformó en un ráster Tiff geoespacial monobanda.

Posted on November 27, 2020 and filed under GIS, TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Cómo unir líneas y densificar vértices con Python, Fiona, Shapely - Tutorial

Hemos realizado un tutorial bajo el concepto de "Python geoespacial aplicado". Este es un ejemplo acerca de filtro selectivo de una determinada carretera a partir de un geopaquete (*.gpkg) de carreteras. La carretera seleccionada se compone de un grupo de líneas que se fusionan en un Shapely LineString. Basado en un arreglo de Numpy con la función de interpolación Shapely se distribuyó un conjunto de puntos a lo largo del trazo de la línea fusionada y luego se interpretó como una LineString. La línea resultante se guardó como un archivo ESRI Shapefile utilizando Fiona.

Posted on November 25, 2020 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Convertir un Excel a un Shapefile de puntos con Python, Fiona y Pandas - Tutorial

Hemos realizado un tutorial con un procedimiento alternativo en Python con Pandas y Fiona de un proceso común pero de varios pasos para crear shapefiles de puntos a partir de hojas de cálculo de Excel. El proceso implica algunas líneas de código para leer el archivo de Excel, definir la estructura del shapefile de salida y escribir los datos de puntos.

Posted on November 19, 2020 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Aprendizaje Automático en Calibración de Modelos Hidrogeológicos con Python, SALib y Scikit Learn - Tutorial

Hemos realizado un tutorial sobre un modelo de complejidad baja con ríos, lagos, recarga y flujo de agua subterránea regional realizado en Model Muse en un tutorial anterior. El modelo se importó como un objeto en Python con Flopy. Se realizó un análisis de sensibilidad con SALib para evaluar la respuesta del flujo de agua subterránea del objeto de modelo a una muestra diferente de parámetros y se registró un conjunto resultante de parámetros y las cargas hidráulicas correspondientes (parámetros a cargas hidráulicas). Luego, se realizó una regresión de aprendizaje automático con Scikit-Learn con el conjunto inverso (cargas hidráulicas a parámetros) para obtener los parámetros predichos para los datos observados. Se realizaron diferentes medidas de error en dos modelos para evaluar la calidad general del regresor de la red neuronal.

Posted on November 17, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Cómo configurar un servidor Jupyter multiusuario con Jupyterhub (en Windows con Docker)

Al enseñar o trabajar con Python, es un desafío tener y trabajar simultáneamente con la misma versión de Python y paquetes de Python. Jupyterhub es una gran solución para llevar notebook a un grupo de usuarios con herramientas de administración y muchas más funciones. Hemos realizado un tutorial para instalar Jupyterhub con Jupyterlab en una red LAN o wifi local. El tutorial muestra el procedimiento para ejecutar Jupyterhub desde Docker en Windows, utilizar un autenticador nativo y configurar un administrador y usuarios.

Posted on November 9, 2020 and filed under TutorialPython.

 

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Como cortar múltiples bandas Sentinel 2 a un área de interés con Python, Rasterio y Fiona

Bajo el concepto de “Python espacial aplicado” hemos desarrollado un tutorial para el procesamiento espacial de múltiples bandas de una imagen Sentinel 2. El tutorial muestra el procedimiento para leer el conjunto de bandas, importar un shapefile, recortar cada banda a la extensión del shapefile y exportar la versión recortada a otra carpeta. El proceso espacial es independiente de la resolución del raster y se puede modificar fácilmente para imágenes Landsat.

Posted on October 26, 2020 and filed under TutorialPython, TutorialQGIS.

 

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Tutorial de interpolación triangular geoespacial con Python, Scipy, Geopandas y Rasterio

Bajo el concepto de “Python geoespacial aplicado” hemos desarrollado algunos procedimientos / tutoriales en Python de algunas tareas comunes de análisis espacial realizadas en software GIS de escritorio. El objetivo no es reinventar la rueda, sino explorar las herramientas y bibliotecas de Python actuales que pueden crear, analizar y representar datos espaciales vectoriales y ráster.

La interpolación triangular es uno de los varios tipos de interpolación disponibles tanto en Python como en software GIS, sin embargo, la ventaja de trabajar con Python es que la interpolación es una función en la que puede obtener el valor interpolado en un punto específico mientras que en el software GIS es necesario para crear un ráster para luego muestrear valores a partir del ráster (.. hasta donde sabemos).

Hemos creado un tutorial con un procedimiento completo en Python para importar puntos con elevación como atributo, crear una función de interpolación triangular y generar dos salidas espaciales: un ráster geoespacial interpolado en formato TIFF y un shapefile con atributo de elevación para otro conjunto de puntos. El tutorial utiliza varias bibliotecas de Python como Matplotlib, Rasterio, Geopandas, Scipy.

Posted on October 16, 2020 and filed under GIS, TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Como insertar una geología 3D en un modelo en MODFLOW con Python y Flopy - Tutorial

El método de diferencias finitas, así como cualquier otro método de discretización, permite la conceptualización de un medio geológico en céldas u otros volúmenes. Los modelos geológicos vienen en diversos formatos en formato binario o de texto y necesitan ser "traducidos" a la estructura grillada de un modelo de agua subterránea.

Este tutorial tiene un ejemplo aplicado de la implementación de un modelo geológico 3D desde una red neuronal a un modelo de agua subterránea con discretización horizontal y espesor de capa determinados. El tutorial cubre todos los pasos para la construcción de la geometría de un modelo y la determinación de unidades hidrogeológicas con scripts en Python, Flopy y otras bibliotecas. Las comparaciones del modelo geológico original y traducido se realizaron como diagramas de Matplotlib y archivos Vtk en Paraview.

Posted on February 27, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Tutorial de Modelamiento Geológico 3D usando Redes Neurales con Python, Scikit Learn y Vtk

Hemos realizado un tutorial en Python con bibliotecas recientes y potentes como Scikit Learn para crear un modelo geológico basado en la litología de perforaciones en Treasure Valley (Idaho, EE. UU.). El tutorial genera una nube de puntos de litologías que se transforman y escalan para la red neuronal. El clasificador de red neuronal seleccionado es un clasificador de Perceptrón multicapa implementado en la biblioteca Scikit Learn como sklearn.neural_network.MLPClassifier. Se realiza una matriz de confusión de la red neuronal. El tutorial también incluye una visualización 3D georreferenciada de litología de pozos y geología interpolada como formato Vtk en Paraview.

Posted on February 24, 2020 and filed under TutorialPython.

 

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Visualización 3D de litología de pozos con Python, Vtk, y Pyvistas - Tutorial

Existen estándares para las descripciones litológicas, pero no hay estándares sobre cómo almacenar información litológica y relacionarla con la posición de perforación. Esta incompatibilidad conlleva al uso de muchos formatos y archivos de datos relacionados con software abierto y comercial.

En la búsqueda de "una herramienta que maneja todas las herramientas", como un concepto similar del "único anillo que las gobierna a todos los anillos" del Señor de los Anillos (JRR Tolkien), encontramos que Python y sus bibliotecas: Pandas, Pyvista y VTK puede hacer un trabajo decente en la compilación, geotransformación, ubicación espacial y generación de geometría 3D.

Este tutorial trata sobre la visualización en 3D como archivos Vtk en Paraview de la información litológica de cientos de pozos ubicados en el río Snake - Idaho. El tutorial cubre todos los pasos desde la descarga del procesamiento de información en bruto a la generación de listas y matrices para el archivo Vtk. El trabajo de secuencias de comandos se realizó en un Jupyter Nobebook y los archivos 3D de salida se representaron en Paraview.

Posted on February 14, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Como crear un Raster de Elevación de Líneas de Contorno con Python, Geopandas, Numpy y GDAL

El análisis espacial es una disciplina muy interesante porque permite la evaluación de todos los fenómenos relacionados con su ubicación. Sin embargo, para algunas partes del procesamiento de datos, el flujo de trabajo en una interfaz gráfica de computadora (GUI) para SIG puede ser repetitivo y llevar mucho tiempo. Los investigadores necesitan herramientas mejores y más eficientes para procesar más cantidad de datos en menos tiempo e incluso con menos cantidad de herramientas de software.

Hemos creado un script innovador para generar un archivo ráster de elevación desde un líneas de contorno con varios pasos de procesamiento de datos. El script reconoce geometrías inválidas, simplifica las polilíneas y extrae vértices mientras crea un geodataframe de puntos que se interpola y se geotransforma como un ráster geoespacial en formato .tiff.

Posted on December 2, 2019 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Como generar una Regresión Lineal con Python 3 - Tutorial

Interesante tutorial para el análisis lineal de todos los dias. Usualmente este gráfico se realiza en hojas de cálculo pero es completamente factible de realizarlo en Python en pocas líneas de código.

El trabajo con Python brinda mejores opciones de gráficos y la posibilidad de repetir el análisis con distintos set de datos.

Posted on June 28, 2019 and filed under TutorialPython.

 

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Modelamiento Geológico Estructural 3D en Python con Gempy - Tutorial

Gempy es una librería de código abierto de Python para generar modelos geológicos estructurales 3D completos. La librería es un desarrollo completo para crear modelos geológicos de interfases, fallas y orientaciones de capas, también relaciona la secuencia de las capas geológicas para representar intrusiones de rocas y órdenes de fallas.

El algoritmo para modelamiento geológico basado en la interpolación universal “cokriging” con el soporte de librerías matemáticas avanzadas de Python como Numpy, PyMC3 y Theano. Gempy crea un modelo grillado que puede ser visualizado en secciones 2D con Matplotlib o como geometrías 3d en VTK que permitirán la representación del modelo geológico en Paraview para divisiones, filtrado, transparencias y estilo.

Este tutorial es un ejemplo básico de una configuración geológica estratificada con 5 capas y una falla. Con finalidad de hacer que el tutorial sea accesible a la mayoría de usuarios, hemos creado un tutorial complementario acerca de Gempy en Windows con una distribución de repositorio de Anaconda.

Posted on April 11, 2019 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Malla triangular para modelamiento de aguas subterráneas con MODFLOW6 y Flopy - Tutorial

Una de las novedades más excepcionales de MODFLOW 6 son las diferentes opciones de discretización para la generación de la grilla del modelo. Las opciones van desde grillas regulares (igual que MODFLOW 2005), grillas triangulares y grillas no estructuradas. Flopy que es una librería de Python para la construcción y simulación de MODFLOW 6 y otros modelos tiene herramientas para la generación de grillas triangulares. El flujo de trabajo en modelamiento de aguas subterráneas con MODFLOW 6 y Flopy para modelos con grillas triangulares es muy fluido y observamos mucho potencial para el modelamiento de flujo de agua subterránea en escala local y regional.

Este tutorial muestra el procedimiento completo para crear una grilla triangular con las utilidades de Flopy e incorporarlo al modelo de MODFLOW 6. El modelo es simulado y los resultados son representados como una grilla colorida e isolíneas.

Posted on April 8, 2019 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Análisis de Cambio de Uso con Python y GDAL - Tutorial

Las imágenes satelitales nos han proporcionado la capacidad de ver la superficie de la tierra en los años recientes pero no hemos tenido mucho éxito en entender la dinámica del uso de suelo y su interacción con los factores económicos, sociológicos y políticos. Algunas deficiencias para este este análisis fueron encontradas en el uso de software de GIS comercial pero otras limitaciones están en la forma en que aplicamos procesos lógicos y matemáticos a un set de datos de imágenes satelitales. El manejo de datos geoespaciales en Python nos da un uso eficiente del poder computacional y provee un mayor panorama en análisis de datos.

Este tutorial muestra el procedimiento completo para crear un raster de cambio de uso de suelo proveniente de una comparación entre raster de índice de vegetacion (NDVI) con el uso de Python y las librerías GDAL y Numpy. Se generaron contornos de cambio de uso de suelo con herramientas de GDAL y Osgeo y se realizó un análisis de deforestación basado en los datos de salida y un recuento de imágenes históricas de Google Earth.

Posted on March 28, 2019 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Representación de Isótopos Estables de Muestras de Aguas Subterráneas con Python Pandas - Tutorial

El análiss de isotopos estables es una herramienta muy poderosa para la evaluación del origen y la dinámica del agua subterránea especialmente cuando los puntos de observación y los periodos de muestreo son limitados. La representación de isotopos se puede hacer con cualquier hoja de cálculo de software como Excel, pero el flujo de trabajo es deficiente especialmente cuando se representa los puntos, líneas de tendencia, etiquetas y leyendas.

Este tutorial muestra el procedimiento completo para representar los isotopos estables de muestras de aguas subterráneas de un sitio en remediación en Nuevo México, Estados Unidos. Los códigos son realizados con Python 3 y otros paquetes que vienen instalados por defecto con Anaconda. El código para la representación de la Línea Meteórica Global del Agua esta tambíén incluido asi como las opciones para guardar/descargar las figuras.

Posted on March 21, 2019 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Como cortar múltiples bandas de una imagen Landsat 8 con Python y GDAL - Tutorial

Este tutorial se realiza en una plataforma de programación para Python llamado Jupyter Notebook. Los archivos de entrada que son bandas raster y shapefile del área de interés (AOI) tienen que estar en un mismo sistema de referencia de coordenadas (SRC) de lo contrario la librería GDAL no localizará los datos espaciales en la posición correcta. Este tutorial muestra el procedimiento para los sets de bandas de una imagen Landsat 8, un ejemplo para una única banda que se proporciona en los scripts de los datos de entrada. Finalmente, este tutorial muestra el raster completo y cortado en un software de Sistemas Información Geográfica como QGIS.

Para los usuarios principiantes GIS con poca expedicionaria de programación, se aconseja terminar el tutorial con los datos proporcionados en la parte de datos de entrada de este tutorial. Una vez que el usuario tenga más experiencia con el software, el usuario puede modificar el código para el procesamiento personalizado de imagenes ráster.

Posted on March 18, 2019 and filed under TutorialPython, TutorialQGIS.

 

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Cálculo del NDVI de una imagen Landsat8 con Python3 y Rasterio - Tutorial

Rasterio es una librería de Python que permite la lectura, inspección, visualización y la escritura de raster geospaciales. La librería usa rasters en formato GeoTIFF y otros formatos y es capaz de trabajar con imágenes satelitales, modelos de elevación digital, productos de imágenes, e imágenes procesadas de drone. Rasterio permite importar un raster geoespacial de una banda y multibanda y permite trabajar en un entorno interactivo como un Jupyter notebook. La librería conserva la “dualidad” del georaster, eso significa que puede manejar los parámetros de localización y resolución del raster tanto como los valores matriciales de los elementos grillados.

Este tutorial muestra el procedimiento para el cálculo del NDVI de un imagen satelital Landsat 8 utilizando Python y Rasterio. El tutorial se realiza en un entorno interactivo llamado Jupyter Notebook. Para la instalación del software requerido para este ejercicio se recomienda seguir este tutorial.

Posted on January 25, 2019 and filed under TutorialPython, TutorialQGIS.

 

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Tutorial para unir múltiples PDFs con Python 3 y PyPDF2

Para que descargar programas auxiliares si con Python puedes hacerlo todo? Desde lo simple hasta la complicado, hay una serie de paquetes para casi todo de tal manera que trabajes más rapido y eficientemente utilizando software libre. Hemos traído un ejemplo práctico de union de dos archivos Pdfs en distinta orientación para la generación de un Pdf final utilizando Python 3 y el paquete PyPDF2 dentro de un Jupyter Notebook.

Posted on January 7, 2019 and filed under TutorialPython.

 

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Delimitación de Límite de Cuenca y Red Hidrica con Python y Pysheds - Tutorial

Que pasaría si todos los procesos que realizamos en software de SIG los hicieramos en Python? Que pasaría si tratáramos a los datos espaciales como objetos y variables en un script…. enconces nos preguntaríamos si en realidad es necesario inventar de nuevo la rueda. Para qué hacer cosas de manera diferente, si lo que existe ya funciona?

La respuesta a esta interrogante es muy simple: Más control. Es tan simple y tan sencillo sobre eso.

Trabajar en Python nos da más control sobre el geoprocesamiento al dejar el entorno visual de clicks sobre iconos. Con Python en un entorno de Jupyter Notebook podemos referenciar los archivos a importar, definir los geoprocesos y sus opciones, hacer representaciones de los datos espaciales intermedios y finales, y exportar los resultados en formatos compatibles con cualquier entorno de SIG. Existen otras ventajas del análisis espacial en Python como son la reproducibilidad y la velocidad de cálculo.

Posted on December 28, 2018 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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