Posts filed under TutorialPython

Como realizar una curva elevación-volumen para un lago/reservorio con Python - Tutorial

Python es un lenguaje de programación capaz de realizar cálculos para estudios hidrológicos y evaluaciones de recursos hídricos. Hemos realizado un tutorial para la determinación de la curva volumen-elevación del lago Patillas en Puerto Rico con Python y bibliotecas numéricas / espaciales como Numpy y Rasterio. Finalmente, los resultados se compararon con la curva de volumen-elevación de una evaluación del USGS.

El procedimiento se realizó para un lago, pero se puede aplicar fácilmente a cualquier reservorio o cuerpo de agua cuando la elevación del fondo está disponible como un archivo ráster.

Posted on May 3, 2021 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython, Hidráulica, Hidrología.

 

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Cálculo de la solubilidad del Yeso y la Anhidrita con Phreeqc y Python - Tutorial

Tutorial para el cálculo de la solubilidad y estabilidad termodinámica de yeso y anhidrita. El ejemplo simula la disolución de dos minerales en un beaker en equilibrio que se calienta paso a paso de 25ºC a 75ºC. Las concentraciones y los índices de saturación para la solución inicial y la reacciones se muestran como Pandas dataframes y se realizan representaciones de diagramas de barras en un Jupyter Notebook. Finalmente se genera un gráfico del índice de saturación para anhidrita y yeso con temperatura a partir de una iteración sobre los pasos de las reacciones.

Posted on April 15, 2021 and filed under Hidrogeología, Calidad de agua, Tutorial, TutorialPython.

 

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Modelamiento de la especiación del agua de mar con Phreeqc acoplado a Python y Pandas - Tutorial

El modelo de especiación permite calcular la distribución de especies acuosas en una solución. Phreeqc es capaz de simular este cálculo de especiación y vamos a demostrar esta capacidad en un caso de estudio de especies acuosas en agua de mar.

Hemos realizado un tutorial para el modelamiento de especiación de agua de mar con Phreeqc que se ejecuta en Python en un entorno de Jupyter Lab. El código puede correr el ejecutable Phreeqc, definir las bases de datos y establecer los archivos de salida. Los resultados de la simulación están disponibles como dataframes de Pandas y se realizan gráficos para los componentes principales y la distribución de los índices de saturación.

Posted on April 7, 2021 and filed under TutorialPython, Hidroinformática, Hidrogeología.

 

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Cómo delinear líneas de cultivo con inteligencia artificial usando Python y Scikit Learn - Tutorial

Las imágenes de drones nos muestran características en la superficie con alta precisión y las herramientas de inteligencia artificial nos permiten comprender y obtener información de esas imágenes. Presentamos un tutorial en Python junto con Scikit Learn y bibliotecas geoespaciales que delimita las filas de cultivos en un campo de maíz y proporciona resultados como un archivo espacial vectorial.

Posted on March 8, 2021 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Cómo cargar Shapefiles a PostGIS con Python, Geopandas y SQLAlchemy - Tutorial

En nuestra búsqueda de nuevas herramientas geoespaciales en Python y mejores formas de manejar datos geoespaciales, encontramos que procesos complejos o multifuncionales ya están incluidos en bibliotecas espaciales como Geopandas. Hemos desarrollado un ejemplo aplicado para cargar ESRI Shapefiles de punto / línea / polígono a una base de datos Postgres / Postgis con Python, Geopandas y SQL Alchemy en unas pocas líneas de código. Además, hemos simplificado el procedimiento para ejecutar una base de datos de Postgres dentro de la imagen de Docker Hakuchik completamente conectada a QGIS.

Posted on February 25, 2021 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Tutorial para convertir datos geoespaciales (ESRI shapefiles) a formatos 3D (VTK) con Python

En nuestra perspectiva, la visualización 3D de datos geoespaciales ha sido una característica deseada desde hace mucho tiempo en SIG y que se ha cubierto en algunas características de SAGA GIS o en algunos complementos de QGIS. Esta vez desarrollamos un script en Python que convierte punto / línea / polígono de shapefiles ESRI (o cualquier archivo vectorial) al formato Vtk de grilla no estructurada (Vtu) mediante el uso de las bibliotecas de Python: Geopandas y Pyvista. El tutorial tiene archivos, scripts y videos que muestran todo el procedimiento con algunos comentarios sobre el software y los archivos espaciales y una discusión sobre la naturaleza de los archivos espaciales que presenta algunos desafíos en la conversión de datos.

Posted on February 22, 2021 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Visualización interactiva de un modelo de transporte MODFLOW MT3D con Flopy, Ipywidgets y Voila

La representación y el análisis de los resultados de flujo y transporte es un desafío para los modeladores de aguas subterráneas. Aspectos como la velocidad, la compatibilidad, el formato de datos y las opciones de visualización son clave en la representación 2D / 3D de la carga hidráulica y la concentración en las celdas del modelo. En Jupyterlab se han desarrollado nuevas herramientas que pueden ser útiles para representar los resultados del modelo de una manera fácil de usar.
En esta ocasión hemos realizado un tutorial para la representación interactiva de una pluma contaminante en Jupyterlab; el modelo se realizó con Modflow Nwt y Mt3d, la representación se realizó con Matplolib, Ipywidgets y Voila.

Posted on February 1, 2021 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Exploración interactiva de Shapefiles en Jupyterlab con Ipyleaflet y Voila - Tutorial


Ya sea que desee explorar o visualizar un Shapefile sin salir del entorno de Jupyterlab o simplemente desee una mejor herramienta para la representación espacial, este tutorial puede ser de su interés. Hemos desarrollado una aplicación interactiva en Jupyterlab con Ipyleaflet y Voila que representan un shapefile seleccionado en un lienzo con opciones para mapas base, zoom y otros.

Posted on January 28, 2021 and filed under TutorialPython, TutorialQGIS.

 

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Cómo geolocalizar imágenes de drones desde una tabla csv con Python y Piexif - Tutorial

Si tu dron no escribe la posición GPS en los metadatos de la imagen, este es un tutorial que puede ser de tu interés. Cuando tengas las imágenes sin ninguna referencia de ubicación en los metadatos y las ubicaciones de las imágenes estén en un archivo de texto, puede usar el código que se describe a continuación para generar imágenes de drones geolocalizados compatibles con OpenDroneMap. El tutorial muestra todos los pasos involucrados además de tener algunos datos de muestra para practicar.

Posted on December 6, 2020 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Cómo crear un ráster geoespacial a partir de datos XY con Python, Pandas y Rasterio - Tutorial

Otro tutorial realizado bajo el concepto de “Python geoespacial”. El tutorial muestra el procedimiento para ejecutar una interpolación Scipy sobre un dataframe de Pandas de datos puntuales que tienen una matriz Numpy 2D como salida del proceso. Con algunos procedimientos de Rasterio, la matriz Numpy se transformó en un ráster Tiff geoespacial monobanda.

Posted on November 27, 2020 and filed under GIS, TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Cómo unir líneas y densificar vértices con Python, Fiona, Shapely - Tutorial

Hemos realizado un tutorial bajo el concepto de "Python geoespacial aplicado". Este es un ejemplo acerca de filtro selectivo de una determinada carretera a partir de un geopaquete (*.gpkg) de carreteras. La carretera seleccionada se compone de un grupo de líneas que se fusionan en un Shapely LineString. Basado en un arreglo de Numpy con la función de interpolación Shapely se distribuyó un conjunto de puntos a lo largo del trazo de la línea fusionada y luego se interpretó como una LineString. La línea resultante se guardó como un archivo ESRI Shapefile utilizando Fiona.

Posted on November 25, 2020 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Convertir un Excel a un Shapefile de puntos con Python, Fiona y Pandas - Tutorial

Hemos realizado un tutorial con un procedimiento alternativo en Python con Pandas y Fiona de un proceso común pero de varios pasos para crear shapefiles de puntos a partir de hojas de cálculo de Excel. El proceso implica algunas líneas de código para leer el archivo de Excel, definir la estructura del shapefile de salida y escribir los datos de puntos.

Posted on November 19, 2020 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Aprendizaje Automático en Calibración de Modelos Hidrogeológicos con Python, SALib y Scikit Learn - Tutorial

Hemos realizado un tutorial sobre un modelo de complejidad baja con ríos, lagos, recarga y flujo de agua subterránea regional realizado en Model Muse en un tutorial anterior. El modelo se importó como un objeto en Python con Flopy. Se realizó un análisis de sensibilidad con SALib para evaluar la respuesta del flujo de agua subterránea del objeto de modelo a una muestra diferente de parámetros y se registró un conjunto resultante de parámetros y las cargas hidráulicas correspondientes (parámetros a cargas hidráulicas). Luego, se realizó una regresión de aprendizaje automático con Scikit-Learn con el conjunto inverso (cargas hidráulicas a parámetros) para obtener los parámetros predichos para los datos observados. Se realizaron diferentes medidas de error en dos modelos para evaluar la calidad general del regresor de la red neuronal.

Posted on November 17, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Cómo configurar un servidor Jupyter multiusuario con Jupyterhub (en Windows con Docker)

Al enseñar o trabajar con Python, es un desafío tener y trabajar simultáneamente con la misma versión de Python y paquetes de Python. Jupyterhub es una gran solución para llevar notebook a un grupo de usuarios con herramientas de administración y muchas más funciones. Hemos realizado un tutorial para instalar Jupyterhub con Jupyterlab en una red LAN o wifi local. El tutorial muestra el procedimiento para ejecutar Jupyterhub desde Docker en Windows, utilizar un autenticador nativo y configurar un administrador y usuarios.

Posted on November 9, 2020 and filed under TutorialPython.

 

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Como cortar múltiples bandas Sentinel 2 a un área de interés con Python, Rasterio y Fiona

Bajo el concepto de “Python espacial aplicado” hemos desarrollado un tutorial para el procesamiento espacial de múltiples bandas de una imagen Sentinel 2. El tutorial muestra el procedimiento para leer el conjunto de bandas, importar un shapefile, recortar cada banda a la extensión del shapefile y exportar la versión recortada a otra carpeta. El proceso espacial es independiente de la resolución del raster y se puede modificar fácilmente para imágenes Landsat.

Posted on October 26, 2020 and filed under TutorialPython, TutorialQGIS.

 

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Tutorial de interpolación triangular geoespacial con Python, Scipy, Geopandas y Rasterio

Bajo el concepto de “Python geoespacial aplicado” hemos desarrollado algunos procedimientos / tutoriales en Python de algunas tareas comunes de análisis espacial realizadas en software GIS de escritorio. El objetivo no es reinventar la rueda, sino explorar las herramientas y bibliotecas de Python actuales que pueden crear, analizar y representar datos espaciales vectoriales y ráster.

La interpolación triangular es uno de los varios tipos de interpolación disponibles tanto en Python como en software GIS, sin embargo, la ventaja de trabajar con Python es que la interpolación es una función en la que puede obtener el valor interpolado en un punto específico mientras que en el software GIS es necesario para crear un ráster para luego muestrear valores a partir del ráster (.. hasta donde sabemos).

Hemos creado un tutorial con un procedimiento completo en Python para importar puntos con elevación como atributo, crear una función de interpolación triangular y generar dos salidas espaciales: un ráster geoespacial interpolado en formato TIFF y un shapefile con atributo de elevación para otro conjunto de puntos. El tutorial utiliza varias bibliotecas de Python como Matplotlib, Rasterio, Geopandas, Scipy.

Posted on October 16, 2020 and filed under GIS, TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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Como insertar una geología 3D en un modelo en MODFLOW con Python y Flopy - Tutorial

El método de diferencias finitas, así como cualquier otro método de discretización, permite la conceptualización de un medio geológico en céldas u otros volúmenes. Los modelos geológicos vienen en diversos formatos en formato binario o de texto y necesitan ser "traducidos" a la estructura grillada de un modelo de agua subterránea.

Este tutorial tiene un ejemplo aplicado de la implementación de un modelo geológico 3D desde una red neuronal a un modelo de agua subterránea con discretización horizontal y espesor de capa determinados. El tutorial cubre todos los pasos para la construcción de la geometría de un modelo y la determinación de unidades hidrogeológicas con scripts en Python, Flopy y otras bibliotecas. Las comparaciones del modelo geológico original y traducido se realizaron como diagramas de Matplotlib y archivos Vtk en Paraview.

Posted on February 27, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Tutorial de Modelamiento Geológico 3D usando Redes Neurales con Python, Scikit Learn y Vtk

Hemos realizado un tutorial en Python con bibliotecas recientes y potentes como Scikit Learn para crear un modelo geológico basado en la litología de perforaciones en Treasure Valley (Idaho, EE. UU.). El tutorial genera una nube de puntos de litologías que se transforman y escalan para la red neuronal. El clasificador de red neuronal seleccionado es un clasificador de Perceptrón multicapa implementado en la biblioteca Scikit Learn como sklearn.neural_network.MLPClassifier. Se realiza una matriz de confusión de la red neuronal. El tutorial también incluye una visualización 3D georreferenciada de litología de pozos y geología interpolada como formato Vtk en Paraview.

Posted on February 24, 2020 and filed under TutorialPython.

 

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Visualización 3D de litología de pozos con Python, Vtk, y Pyvistas - Tutorial

Existen estándares para las descripciones litológicas, pero no hay estándares sobre cómo almacenar información litológica y relacionarla con la posición de perforación. Esta incompatibilidad conlleva al uso de muchos formatos y archivos de datos relacionados con software abierto y comercial.

En la búsqueda de "una herramienta que maneja todas las herramientas", como un concepto similar del "único anillo que las gobierna a todos los anillos" del Señor de los Anillos (JRR Tolkien), encontramos que Python y sus bibliotecas: Pandas, Pyvista y VTK puede hacer un trabajo decente en la compilación, geotransformación, ubicación espacial y generación de geometría 3D.

Este tutorial trata sobre la visualización en 3D como archivos Vtk en Paraview de la información litológica de cientos de pozos ubicados en el río Snake - Idaho. El tutorial cubre todos los pasos desde la descarga del procesamiento de información en bruto a la generación de listas y matrices para el archivo Vtk. El trabajo de secuencias de comandos se realizó en un Jupyter Nobebook y los archivos 3D de salida se representaron en Paraview.

Posted on February 14, 2020 and filed under TutorialModflow, TutorialPython.

 

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Como crear un Raster de Elevación de Líneas de Contorno con Python, Geopandas, Numpy y GDAL

El análisis espacial es una disciplina muy interesante porque permite la evaluación de todos los fenómenos relacionados con su ubicación. Sin embargo, para algunas partes del procesamiento de datos, el flujo de trabajo en una interfaz gráfica de computadora (GUI) para SIG puede ser repetitivo y llevar mucho tiempo. Los investigadores necesitan herramientas mejores y más eficientes para procesar más cantidad de datos en menos tiempo e incluso con menos cantidad de herramientas de software.

Hemos creado un script innovador para generar un archivo ráster de elevación desde un líneas de contorno con varios pasos de procesamiento de datos. El script reconoce geometrías inválidas, simplifica las polilíneas y extrae vértices mientras crea un geodataframe de puntos que se interpola y se geotransforma como un ráster geoespacial en formato .tiff.

Posted on December 2, 2019 and filed under TutorialQGIS, TutorialPython.

 

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