Los balances hídricos son esenciales para la toma de decisiones acerca de la gestión y conservación del agua. El balance hídrico de una cuenca en la visión de Gidahatari es la contabilidad de toda el agua que ingresa en la cuenca, toda el agua que sale de una cuenca y el cambio de almacenamiento en un periodo específico de tiempo.
Debido a la naturaleza dinámica y aleatoria del ciclo hídrico, este presenta diversas fluctuaciones. Es por esto que las mejores estimaciones de Gidahatari para la precipitación, escorrentía o recarga tendrán un margen de incertidumbre que deberá ser incorporado en la toma de decisiones.
Gidahatari se especializa en el balance hídrico regional para cuencas andinas mediante modelos hidrológicos distribuidos. En los resultados del modelamiento hidrológico se puede contabilizar todos los componentes del ciclo hídrico bajo condiciones actuales y simular el impacto de los proyectos sobre la disponibilidad hídrica de una región.