El SWAT simula directamente la carga de agua, sedimento y otros componentes externos a las áreas de tierra en la cuenca. Para simular la carga de agua y contaminantes de fuentes hídricas no asociadas con un área de tierra (ej: plantas de tratamiento de agua servida), el SWAT permite que la información de fuentes hídricas pueda ser leída en cualquier punto a lo largo de la red de canales.
