El sistema de aguas subterráneas en la zona de influencia del Valle de Bella Unión presenta una marcada influencia de eventos históricos de precipitación en un entorno árido y la actividad agrícola. Hemos separado la hidrodinámica del acuífero en dos componentes: hidrodinámica regional e hidrodinámica local del acuífero. A continuación se describirá cada una de ellos.
Hidrodinámica regional
El valle de Bella Unión esta sobre una planicie de inundación donde se han depositado una serie de materiales granulares como limos, arena limosas, cantos rodados y materiales sub-angulares. Esta depositación se generó en el Cuaternario y particularmente en el Holoceno. El acuífero entonces fue recargado por la glaciación de Wisconsin hace 10000 años y desde ese entonces sufre un flujo regional de norte a sur como se puede puede ver en la figura.
El acuífero del valle de Bella Unión tiene unos 80 a 90 metros hasta llegar al suelo marino de naturaleza poco permeable que subyace al material granular.
Se indicó que el acuífero estuvo saturado en la glaciación de Wisconsin, pero desde esa época las aguas subterráneas se han ido transportando hacia las quebradas, el cauce del río seco y el valle de Acarí. El agua se ha salinizado, siendo el Cloruro el ión principal que indica un transporte prolongado.
En zonas no irrigadas el agua subterránea está entre 40 a 60 metros y la calidad del agua es salobre con pocos metros de espesor saturado del acuífero. Estas áreas no son apropiadas para el cultivo ya que no representan una fuente confiable de agua de irrigación.
Hidrodinámica local
En la zona irrigada, como el Fundo Santa Fe lote 10, propiedad de la Suc. Honorato Montoya, el régimen de aguas subterráneas se encuentra influenciado por la irrigación.
El excedente hídrico del agua de irrigación que no fue absorvida por las plantas produce una recarga del acuífero, donde la napa se encuentra a distancias de 13 a 27 metros dependiendo del régimen de explotación de los acuíferos.
En la siguiente figura se puede observar el flujo de aguas subterráneas y la zona de influencia de los pozos del fundo.

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