La simulación de transporte de solutos en sistemas de flujo de agua subterránea ha tenido una rápida evolución en los últimos años, impulsado por el mayor interés en el conocimiento de la contaminación en acuíferos. El diseño de sistemas de remediación para la contaminación en agua subterránea requiere de una comprensión completa de cómo interactúan varios procesos – advección, dispersión y las reacciones químicas – con el movimiento y destino de los contaminantes. El paquete MT3D implementado por MODFLOW provee una herramienta de síntesis de estos procesos, de evaluación entre sus interacciones y prueba la efectividad de las medidas de remediación del agua subterránea.