El modelo puede ser visualizado en términos de tres dimensiones para un conjunto de celdas, cada celda contiene un punto llamado nodo en el que se calcula la carga hidráulica. El tamaño de la malla deber ser especificado por el usuario en términos de número de filas (NROW), número de columnas (NCOL), y número de capas(NLAY).
Diseño del proceso de flujo del agua subterránea
Para facilitar la escritura de un programa fácil de entender, el proceso flujo de aguas subterráneas (GWF) es dividido en piezas llamadas "procedimientos". Otros procesos se pueden dividir en procedimientos y se combinan con el GWF en el diagrama de flujo de una manera similar.
Iteraciones en MODFLOW
MODFLOW emplea métodos iterativos para obtener la solución del sistema de ecuaciones en diferencias finitas para cada intervalo de tiempo. El proceso de iteración se inicia asignado la carga con un valor arbitrario en cada nodo.
Ecuación de diferencias finitas de MODFLOW
El movimiento en tres dimensiones del agua subterránea de densidad constante, a través del medio poroso en el suelo, puede ser descrito por la ecuación diferencial parcial

FloPy es la librerìa de Python que construye y ejecuta modelos MODFLOW; esta librería se ha mejorado para proporcionar un soporte completo de MODFLOW 6 y la mayor parte de su desarrollo está relacionado con la funcionalidad de MODFLOW 6, herramientas para usar datos espaciales vectoriales, rasters y funcionalidades comunes de ploteo y exportación.
Python es un lenguaje de programación sencillo y potente; su simplicidad es notable en comparación con otros lenguajes de programación y su potencia se basa en la cantidad de herramientas disponibles para las diferentes áreas de estudio.
Hemos desarrollado un programa completo en modelamiento de aguas subterráneas con MODFLOW y FloPy que abarca desde los temas esenciales en Python hasta casos aplicados de modelamiento regional e intrusión marina. El programa está diseñado para brindarle al estudiante un enfoque metodológico para aprender FloPy basado en una serie de ejemplos aplicados junto con las opiniones/experiencias del profesor y la revisión del software.